本片为90分钟加长放送，全片（后篇）共分三个章节，分别为【第三章 天地之战】【第四章 长梦】【最终章 去往山丘上的那棵树】。本章为【第三章 天地之战】，共分为上下两趴，包含【A 阿尔敏遇袭】【B 夺回阿尔敏】【C 长翅膀的巨人】【D 引爆炸药】四部分。本趴为第一趴，包含【A 阿尔敏遇袭】【B 夺回阿尔敏】两部分。

救世小队来到艾伦的上空，当阿尔敏终于下定决心变身巨人发动核爆之时，始祖巨人控制“霍加狓”将阿尔敏吞入口中。众人为救回阿尔敏不得不面对艾伦控制的历代九大巨人。一番苦战之后，就在众人陷入绝境之时，继承了兽之巨人之力的法尔科挥舞着它的翅膀赶到战场。救世小队重振旗鼓，战局即将再次扭转。